24 habitats naturels d'intérêt communautaire, dont 5 d'intérêt prioritaire couvrent 1993 hectares, soit 73% de la surface du site. Le reste est constitué d'habitats plus communs mais non pas moins importants pour la faune et la flore qui s'y trouvent !
Les lacs : ils sont nombreux sur le site, on en compte une quinzaine au total (selon leur taille on peut ou non les considérer comme des lacs, certains s'apparentent plus à de petits étangs). Ce sont des milieux sensibles car ils sont issus de la fonte des glaciers après l'ère glacière et sont soit en vase clos, soit alimentés par de tout petits ruisseaux.
Nom des principaux lacs : lac du Crozet, des Doménons, Merlat, Claret, Longet, Bernard, Léama, des Pourettes, lacs Robert, Achard.
Les tourbières et autres zones humides : la plus grande tourbière du site, et la plus patrimoniale est la tourbière de l'Arselle, mais des tourbières plus petites ainsi que d'autres types de zones humides (bas marais, prairies humides) se répartissent sur tout le site. Ces milieux, qui agissent comme des éponges, sont fragiles et sensibles au piétinement et à la sécheresse.
Les pelouses : elles sont sont installées à l'étage subalpin supérieur et alpin (2000-2700m). Ces habitats jouent un rôle important de stabilisateur de pentes grâce aux graminées. Elles ont une composition floristique riche et diversifiée.
Les landes : ce sont des milieux de transition entre la pelouse et la forêt. Elles sont dominées par les Myrtilles et les Rhododendrons. Leur surface a augmenté suite à la déprise pastorale.
Les forêts : la plus célèbre, qui figure dans le nom du site, est la Cembraie, forêt de pins cembros, qu'on retrouve à Chamrousse. On trouve aussi des forêts de ravins, alluviales et de conifères. La majeure partie des zones boisées du site se trouve sur le domaine privé de l'Oursière (centre ouest du site).
Les rochers et éboulis : ces habitats se trouvent à plus de 2500 m d'altitude. Ils sont composés de blocs de roche plus ou moins stables et de diverse taille. Certains sont colonisés par de la végétation rare et sensible (Cardamine de Plumier, Androsace de Vandelli par exemple). Ils servent de refuge à de nombreux animaux qui y trouvent une certaine tranquillité.
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